SNOMED CTの追加勉強

ふとしたはずみでSNOMED CTと再び遭遇したのでメモ。このエントリはSNOMED CTの基礎勉強ができている前提。自信のない方はお帰りください。
SNOMED CTのリソース
いくつかの有用なサイトがある。
NCI Term Browser
http://nciterms.nci.nih.gov/ncitbrowser/pages/multiple_search.jsf;jsessionid=B148C5AEF361FC29B697487367E6A932?nav_type=terminologies
ブラウザ上でSNOMED-CTを閲覧できる。整理された状態で検索結果を表示するので、見ていて飽きない。そして何より使いやすい。

NLM Browser
https://uts.nlm.nih.gov
会員登録が必要そう。US独自の拡張も見られる。


SNOMED CTのAttribute Relationship
Attributeは任意のコンセプトにつけられるわけではない。例えば、"ASSOCIATED MORPHOLOGY"というAttribute Relationshipは"Clinical finding"に属するコンセプトに接続できる。しかし、"Procedure"に属するコンセプトには接続できない。Attribute Relationshipを適用できるコンセプトの集合をDomainと呼ぶ。
また、"Attribute Relationship"が結びつく目的語にも制限がある。"ASSOCIATED MORPHOLOGY"は道具や宗教を目的語に持てない(というより、それらを目的語にすると意味を成さない)。取りえる目的語の候補をRangeと呼ぶ。

SNOMED.png

この図ではhogeのRangeは哺乳動物のようである。Rangeとして哺乳動物名を列挙してもいい。もしくは、哺乳動物というエンティティを用意して、それがRangeであると表現してもいいだろう。この場合、「ネコ is a 哺乳動物」とか「イヌ is a 哺乳動物」という追加のAssertionが必要になる。

※セマンティックウェブのDomain・Rangeと考えればよい。
※RDF的に考えれば"is a"も、一つのアーク(述語)である。すなわち、Defining RelationshipとAttribute Relationshipの差はない。しかし、SNOMED CT的には、両者に異なる意味を持たせる価値がある。この区別はオントロジー全体に有意義な構造を与え、ユーザーの有機的な理解を大いに促進している。


Attribute Relationshipの階層構造
面白いことにAttributeには階層構造がある。あるAttributeには、もっと包括的なAttributeがあるかもしれない。これは親玉に当たる。逆に、同じジャンルのAttributeではあるけれど、詳細な関係を示すAttributeがあるかもしれない。これは子分に相当する。

例えば、PROCEDURE DEVICEというAttributeには、下層のAttributeが存在する。
SNOMED_attr.png
上にある用語は下の用語を包括する。したがって、下の用語を用いて表現されたAssertionは、上位のAttributeを使っても意味が成立する。

 |Lumber Puncture| --(DIRECT DEVICE)--> |Spinal Needle|
 |Lumber Puncture| --(INDIRECT DEVICE)--> |Aliquoting Tube|



 |Lumber Puncture| --(PROCEDURE DEVICE)--> |Spinal Needle|
 |Lumber Puncture| --(PROCEDURE DEVICE)--> |Aliquoting Tube|

と置き換えても、本質的な意味は損なわれない。なぜならば、置換したAttributeが階層構造を有するからである。


SNOMED-CTのAttribute
以上のことをきちんと理解した上で、SNOMED-CTのAttributeを眺めてみよう。一段下がると、下位のAttributeである。

Clinical FindingコンセプトをドメインにするAttribute
FINDING SITE
ASSOCIATED MORPHOLOGY
ASSOCIATED WITH
 CAUSATIVEAGENT
 DUE TO
 AFTER
SEVERITY
CLINICAL COURSE
EPISODICITY
INTERPRETS
HAS INTERPRETATION
PATHOLOGICAL PROCESS
HAS DEFINITIONAL MANIFESTATION
OCCURRENCE
FINDING METHOD
FINDING INFORMER

ProcedureコンセプトをドメインにするAttribute
PROCEDURE SITE
 Procedure site - Direct
 Procedure site - Indirect
PROCEDURE MORPHOLOGY
Direct morphology
Indirect morphology
METHOD
PROCEDURE DEVICE
DIRECT DEVICE
INDIRECT DEVICE
USING DEVICE
USING ACCESS DEVICE
ACCESS
DIRECT SUBSTANCE
PRIORITY
HAS FOCUS
HAS INTENT
RECIPIENT CATEGORY
REVISION STATUS
ROUTE OF ADMINISTRATION
SURGICAL APPROACH
USING ENERGY
USING SUBSTANCE

Evaluation ProcedureコンセプトをドメインにするAttribute
HAS SPECIMEN
COMPONENT
TIME ASPECT
PROPERTY
SCALE TYPE
MEASUREMENT METHOD

SpecimenコンセプトをドメインにするAttribute
SPECIMEN PROCEDURE
SPECIMEN SOURCE TOPOGRAPHY
SPECIMEN SOURCE MORPHOLOGY
SPECIMEN SUBSTANCE
SPECIMEN SOURCE IDENTITY

Body StructureコンセプトをドメインにするAttribute
LATERALITY

Pharmaceutical/Biologic ProductコンセプトをドメインにするAttribute
HAS ACTIVE INGREDIENT
HAS DOSE FORM

Explicit ContextコンセプトをドメインにするAttribute
ASSOCIATED FINDING
FINDING CONTEXT
ASSOCIATED PROCEDURE
PROCEDURE CONTEXT
TEMPORAL CONTEXT
SUBJECT RELATIONSHIP CONTEXT

EventコンセプトをドメインにするAttribute
ASSOCIATED WITH
CAUSATIVE AGENT
DUE TO
AFTER
OCCURRENCE

Physical ObjectコンセプトをドメインにするAttribute
HAS ACTIVE INGREDIENT

参考:SNOMED CT® User Guide, July 2013 International Release
2014-02-28(Fri)
 

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プロフィール

TKD + SMZ

Author:TKD + SMZ
ガレージキット組み立て中級者
子育て初心者

2007年に友人の薦めでガレージキット組み立てを開始。その面白さに目覚める(w

2011年にお付き合いのあった原型師さんに薦められて、原型製作を開始。ワンフェスに参加しています。2017年から、活動を一時休止しております

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